Kwalitee Issues

has_changelog

Add a Changelog (best named 'Changes') to the distribution. It should list at least major changes implemented in newer versions.

use_strict

Add 'use strict' (or its equivalents) to all modules, or convince us that your favorite module is well-known enough and people can easily see the modules are strictly written.

Error: Bio::Phylo::Identifiable, Bio::Phylo::Util::CONSTANT::Int, Bio::Phylo::Util::Dependency

meta_yml_declares_perl_version

If you are using Build.PL define the {requires}{perl} = VERSION field. If you are using MakeMaker (Makefile.PL) you should upgrade ExtUtils::MakeMaker to 6.48 and use MIN_PERL_VERSION parameter. Perl::MinimumVersion can help you determine which version of Perl your module needs.

no_invalid_versions

Fix the version numbers so that version::is_lax($version) returns true.

Error:

  • lib/Bio/Phylo/EvolutionaryModels.pm: HASH(0x7994e30)

use_warnings

Add 'use warnings' (or its equivalents) to all modules (this will require perl > 5.6), or convince us that your favorite module is well-known enough and people can easily see the modules warn when something bad happens.

Error: Bio::Phylo, Bio::Phylo::Factory, Bio::Phylo::Forest, Bio::Phylo::Forest::DrawNodeRole, Bio::Phylo::Forest::DrawTreeRole, Bio::Phylo::Forest::Node, Bio::Phylo::Forest::NodeRole, Bio::Phylo::Forest::Tree, Bio::Phylo::Forest::TreeRole, Bio::Phylo::Generator, Bio::Phylo::IO, Bio::Phylo::Identifiable, Bio::Phylo::Listable, Bio::Phylo::ListableRole, Bio::Phylo::Matrices, Bio::Phylo::Matrices::Character, Bio::Phylo::Matrices::Characters, Bio::Phylo::Matrices::Datatype, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Illumina, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Sanger, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Solexa, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard, Bio::Phylo::Matrices::Datum, Bio::Phylo::Matrices::DatumRole, Bio::Phylo::Matrices::Matrix, Bio::Phylo::Matrices::MatrixRole, Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData, Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator, Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna, Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::F81, Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::GTR, Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::HKY85, Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::JC69, Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::K80, Bio::Phylo::NeXML::DOM, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig, Bio::Phylo::NeXML::Entities, Bio::Phylo::NeXML::Meta, Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral, Bio::Phylo::NeXML::Writable, Bio::Phylo::Parsers::Abstract, Bio::Phylo::Parsers::Adjacency, Bio::Phylo::Parsers::Fasta, Bio::Phylo::Parsers::Fastq, Bio::Phylo::Parsers::Figtree, Bio::Phylo::Parsers::Json, Bio::Phylo::Parsers::Nexml, Bio::Phylo::Parsers::Nexus, Bio::Phylo::Parsers::Phylip, Bio::Phylo::Parsers::Phyloxml, Bio::Phylo::Parsers::Table, Bio::Phylo::Parsers::Taxlist, Bio::Phylo::Parsers::Tnrs, Bio::Phylo::Parsers::Tolweb, Bio::Phylo::Parsers::Ubiocbmeta, Bio::Phylo::Parsers::Ubiometa, Bio::Phylo::Parsers::Ubiosearch, Bio::Phylo::PhyloWS, Bio::Phylo::PhyloWS::Client, Bio::Phylo::PhyloWS::Resource, Bio::Phylo::PhyloWS::Resource::Description, Bio::Phylo::PhyloWS::Service, Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Timetree, Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Tolweb, Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioClassificationBank, Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioNameBank, Bio::Phylo::Project, Bio::Phylo::Set, Bio::Phylo::Taxa, Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker, Bio::Phylo::Taxa::Taxon, Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker, Bio::Phylo::Treedrawer, Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract, Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas, Bio::Phylo::Treedrawer::Gif, Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg, Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf, Bio::Phylo::Treedrawer::Png, Bio::Phylo::Treedrawer::Processing, Bio::Phylo::Treedrawer::Svg, Bio::Phylo::Treedrawer::Swf, Bio::Phylo::Unparsers::Abstract, Bio::Phylo::Unparsers::Adjacency, Bio::Phylo::Unparsers::Cdao, Bio::Phylo::Unparsers::Fasta, Bio::Phylo::Unparsers::Hennig86, Bio::Phylo::Unparsers::Html, Bio::Phylo::Unparsers::Json, Bio::Phylo::Unparsers::Mrp, Bio::Phylo::Unparsers::Newick, Bio::Phylo::Unparsers::Nexml, Bio::Phylo::Unparsers::Nexus, Bio::Phylo::Unparsers::Nwmsrdf, Bio::Phylo::Unparsers::Pagel, Bio::Phylo::Unparsers::Phylip, Bio::Phylo::Unparsers::Phyloxml, Bio::Phylo::Unparsers::Rss1, Bio::Phylo::Unparsers::Taxlist, Bio::Phylo::Util::CONSTANT, Bio::Phylo::Util::CONSTANT::Int, Bio::Phylo::Util::Dependency, Bio::Phylo::Util::Exceptions, Bio::Phylo::Util::IDPool, Bio::Phylo::Util::Logger, Bio::Phylo::Util::MOP, Bio::Phylo::Util::OptionalInterface, Bio::Phylo::Util::StackTrace, Bio::PhyloRole

meta_yml_has_provides

Add all modules contained in this distribution to the META.yml field 'provides'. Module::Build or Dist::Zilla::Plugin::MetaProvides do this automatically for you.

Modules

Name Abstract Version View
Bio::Phylo Phylogenetic analysis using perl 0.58 metacpan
Bio::Phylo::EvolutionaryModels Evolutionary models for phylogenetic trees and methods to sample these Klaas Hartmann, September 2007 metacpan
Bio::Phylo::Factory Creator of objects, reduces hardcoded class names in code metacpan
Bio::Phylo::Forest Container for tree objects metacpan
Bio::Phylo::Forest::DrawNodeRole metacpan
Bio::Phylo::Forest::DrawTreeRole metacpan
Bio::Phylo::Forest::Node Node in a phylogenetic tree metacpan
Bio::Phylo::Forest::NodeRole Extra behaviours for a node in a phylogenetic tree metacpan
Bio::Phylo::Forest::Tree Phylogenetic tree metacpan
Bio::Phylo::Forest::TreeRole Extra behaviours for a phylogenetic tree metacpan
Bio::Phylo::Generator Generator of tree topologies metacpan
Bio::Phylo::IO Front end for parsers and serializers metacpan
Bio::Phylo::Identifiable Objects with unique identifiers metacpan
Bio::Phylo::Listable List of things, super class for many objects metacpan
Bio::Phylo::ListableRole Extra functionality for things that are lists metacpan
Bio::Phylo::Matrices Container of matrix objects metacpan
Bio::Phylo::Matrices::Character A character (column) in a matrix metacpan
Bio::Phylo::Matrices::Characters Container of character objects metacpan
Bio::Phylo::Matrices::Datatype Validator of character state data metacpan
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous Validator subclass, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom Validator subclass, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna Validator subclass, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Illumina Validator subclass, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed Validator subclass, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein Validator subclass, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction Validator subclass, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna Validator subclass, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Sanger Validator subclass, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Solexa Validator subclass, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard Validator subclass, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Matrices::Datum Character state sequence metacpan
Bio::Phylo::Matrices::DatumRole Extra behaviours for a character state sequence metacpan
Bio::Phylo::Matrices::Matrix Character state matrix metacpan
Bio::Phylo::Matrices::MatrixRole Extra behaviours for a character state matrix metacpan
Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData Superclass for objects that contain character data metacpan
Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator Mediator for links between taxa and other objects metacpan
Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna metacpan
Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::F81 metacpan
Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::GTR metacpan
Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::HKY85 metacpan
Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::JC69 metacpan
Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::K80 metacpan
Bio::Phylo::NeXML::DOM XML DOM support for Bio::Phylo metacpan
Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document XML DOM Abstract class for flexible document object model implementation metacpan
Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml XML DOM document mappings to the C<XML::LibXML> package metacpan
Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig XML DOM document mappings to the C<XML::Twig> package metacpan
Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element XML DOM Abstract class for flexible document object model implementation metacpan
Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml XML DOM element mappings to the C<XML::LibXML> package metacpan
Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig XML DOM mappings to the XML::Twig package metacpan
Bio::Phylo::NeXML::Entities Functions for dealing with XML entities metacpan
Bio::Phylo::NeXML::Meta Single predicate/object annotation, attached to an xml-writable subject metacpan
Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral Annotation value adaptor, no direct usage metacpan
Bio::Phylo::NeXML::Writable Superclass for objects that serialize to NeXML metacpan
Bio::Phylo::Parsers::Abstract Superclass for parsers used by Bio::Phylo::IO metacpan
Bio::Phylo::Parsers::Adjacency Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Parsers::Fasta Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Parsers::Fastq Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Parsers::Figtree Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Parsers::Json Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Parsers::Newick Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Parsers::Nexml Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Parsers::Nexus Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Parsers::Phylip Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Parsers::Phyloxml Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Parsers::Table Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Parsers::Taxlist Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Parsers::Tnrs Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Parsers::Tolweb Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Parsers::Ubiocbmeta Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Parsers::Ubiometa Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Parsers::Ubiosearch Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::PhyloWS Base class for phylogenetic web services metacpan
Bio::Phylo::PhyloWS::Client Base class for phylogenetic web service clients metacpan
Bio::Phylo::PhyloWS::Resource Represents a PhyloWS web resource metacpan
Bio::Phylo::PhyloWS::Resource::Description Represents a PhyloWS resource description metacpan
Bio::Phylo::PhyloWS::Service Base class for phylogenetic web services metacpan
Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Timetree PhyloWS service wrapper for Timetree metacpan
Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Tolweb PhyloWS service wrapper for Tree of Life metacpan
Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioClassificationBank PhyloWS service wrapper for uBio ClassificationBank records metacpan
Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioNameBank PhyloWS service wrapper for uBio NameBank records metacpan
Bio::Phylo::Project Container for related data metacpan
Bio::Phylo::Set Subset of the parts inside a container metacpan
Bio::Phylo::Taxa Container of taxon objects metacpan
Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker Superclass for objects that link to taxa objects metacpan
Bio::Phylo::Taxa::Taxon Operational taxonomic unit metacpan
Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker Superclass for objects that link to taxon objects metacpan
Bio::Phylo::Treedrawer Visualizer of tree shapes metacpan
Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract Abstract graphics writer used by treedrawer, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas Graphics format writer used by treedrawer, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Treedrawer::Gif Graphics format writer used by treedrawer, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg Graphics format writer used by treedrawer, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf Graphics format writer used by treedrawer, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Treedrawer::Png Graphics format writer used by treedrawer, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Treedrawer::Processing Graphics format writer used by treedrawer, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Treedrawer::Svg Graphics format writer used by treedrawer, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Treedrawer::Swf Graphics format writer used by treedrawer, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Unparsers::Abstract Superclass for unparsers used by Bio::Phylo::IO metacpan
Bio::Phylo::Unparsers::Adjacency Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Unparsers::Cdao Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Unparsers::Fasta Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Unparsers::Hennig86 Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Unparsers::Html Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Unparsers::Json Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Unparsers::Mrp Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Unparsers::Newick Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Unparsers::Nexml Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Unparsers::Nexus Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Unparsers::Nwmsrdf Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Unparsers::Pagel Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Unparsers::Phylip Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Unparsers::Phyloxml Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Unparsers::Rss1 Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Unparsers::Taxlist Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Util::CONSTANT Global constants and utility functions metacpan
Bio::Phylo::Util::CONSTANT::Int Integer constants, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Util::Dependency Utility class for importing external dependencies. No serviceable parts inside. metacpan
Bio::Phylo::Util::Exceptions Errors ($@) that are objects metacpan
Bio::Phylo::Util::IDPool Utility class for generating object IDs. No serviceable parts inside. metacpan
Bio::Phylo::Util::Logger Logger of internal messages of several severity levels metacpan
Bio::Phylo::Util::MOP Meta-object programming, no serviceable parts inside metacpan
Bio::Phylo::Util::OptionalInterface Utility class for managing optional superclasses. No serviceable parts inside. metacpan
Bio::Phylo::Util::StackTrace Stack traces for exceptions metacpan
Bio::PhyloRole Extra behaviours for the base class metacpan

Other Files

MANIFEST metacpan
META.json metacpan
META.yml metacpan
Makefile.PL metacpan
README.md metacpan