Bio-Phylo

Metadata

Analyzed metadata and errors of Bio-Phylo.

{
   "abstracts_in_pod" : {
      "Bio::Phylo" : "Phylogenetic analysis using perl",
      "Bio::Phylo::EvolutionaryModels" : "Evolutionary models for phylogenetic trees and methods to sample these\nKlaas Hartmann, September 2007",
      "Bio::Phylo::Factory" : "Creator of objects, reduces hardcoded class names in code",
      "Bio::Phylo::Forest" : "Container for tree objects",
      "Bio::Phylo::Forest::DrawNode" : "Tree node with extra methods for tree drawing",
      "Bio::Phylo::Forest::DrawTree" : "Tree with extra methods for tree drawing",
      "Bio::Phylo::Forest::Node" : "Node in a phylogenetic tree",
      "Bio::Phylo::Forest::Tree" : "Phylogenetic tree",
      "Bio::Phylo::Generator" : "Generator of tree topologies",
      "Bio::Phylo::IO" : "Front end for parsers and serializers",
      "Bio::Phylo::Identifiable" : "Objects with unique identifiers",
      "Bio::Phylo::Listable" : "List of things, super class for many objects",
      "Bio::Phylo::Manual" : "High-level user guide",
      "Bio::Phylo::Matrices" : "Container of matrix objects",
      "Bio::Phylo::Matrices::Character" : "A character (column) in a matrix",
      "Bio::Phylo::Matrices::Characters" : "Container of character objects",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype" : "Validator of character state data",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous" : "Validator subclass,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom" : "Validator subclass,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna" : "Validator subclass,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed" : "Validator subclass,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein" : "Validator subclass,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction" : "Validator subclass,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna" : "Validator subclass,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard" : "Validator subclass,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datum" : "Character state sequence",
      "Bio::Phylo::Matrices::Matrix" : "Character state matrix",
      "Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData" : "Superclass for objects that contain\ncharacter data",
      "Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator" : "Mediator for links between taxa and other objects",
      "Bio::Phylo::NeXML::DOM" : "XML DOM support for Bio::Phylo",
      "Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document" : "XML DOM Abstract class for\nflexible document object model implementation",
      "Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml" : "XML DOM document mappings to the \nC<XML::LibXML> package",
      "Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig" : "XML DOM document mappings to the\nC<XML::Twig> package",
      "Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element" : "XML DOM Abstract class for\nflexible document object model implementation",
      "Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml" : "XML DOM element mappings to the \nC<XML::LibXML> package",
      "Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig" : "XML DOM mappings to the \nXML::Twig package",
      "Bio::Phylo::NeXML::Entities" : "Functions for dealing with XML entities",
      "Bio::Phylo::NeXML::Meta" : "Single predicate/object annotation, attached to an\nxml-writable subject",
      "Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral" : "Annotation value adaptor, no direct usage",
      "Bio::Phylo::NeXML::Writable" : "Superclass for objects that serialize to NeXML",
      "Bio::Phylo::Parsers::Abstract" : "Superclass for parsers used by Bio::Phylo::IO",
      "Bio::Phylo::Parsers::Fasta" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Json" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Newick" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Nexml" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Nexus" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Phylip" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Phyloxml" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Table" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Taxlist" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Tolweb" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Ubiocbmeta" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Ubiometa" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable\nparts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Ubiosearch" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::PhyloWS" : "Base class for phylogenetic web services",
      "Bio::Phylo::PhyloWS::Client" : "Base class for phylogenetic web service clients",
      "Bio::Phylo::PhyloWS::Resource" : "Represents a PhyloWS web resource",
      "Bio::Phylo::PhyloWS::Resource::Description" : "Represents a PhyloWS resource description",
      "Bio::Phylo::PhyloWS::Service" : "Base class for phylogenetic web services",
      "Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Timetree" : "PhyloWS service wrapper for Timetree",
      "Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Tolweb" : "PhyloWS service wrapper for Tree of Life",
      "Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioClassificationBank" : "PhyloWS service wrapper\nfor uBio ClassificationBank records",
      "Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioNameBank" : "PhyloWS service wrapper for uBio\nNameBank records",
      "Bio::Phylo::Project" : "Container for related data",
      "Bio::Phylo::Set" : "Subset of the parts inside a container ",
      "Bio::Phylo::Taxa" : "Container of taxon objects",
      "Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker" : "Superclass for objects that link to taxa objects",
      "Bio::Phylo::Taxa::Taxon" : "Operational taxonomic unit",
      "Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker" : "Superclass for objects that link to taxon objects",
      "Bio::Phylo::Treedrawer" : "Visualizer of tree shapes",
      "Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract" : "Abstract graphics writer used by treedrawer, no\nserviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas" : "Graphics format writer used by treedrawer, no\nserviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Treedrawer::Gif" : "Graphics format writer used by treedrawer, no\nserviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg" : "Graphics format writer used by treedrawer, no\nserviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf" : "Graphics format writer used by treedrawer, no\nserviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Treedrawer::Png" : "Graphics format writer used by treedrawer, no\nserviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Treedrawer::Processing" : "Graphics format writer used by treedrawer,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Treedrawer::Svg" : "Graphics format writer used by treedrawer, no\nserviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Treedrawer::Swf" : "Graphics format writer used by treedrawer, no\nserviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Abstract" : "Superclass for unparsers used by Bio::Phylo::IO",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Cdao" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Fasta" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Hennig86" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable\nparts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Json" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable\nparts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Mrp" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Newick" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Nexml" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Nexus" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Pagel" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Phylip" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Phyloxml" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Rss1" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable\nparts inside",
      "Bio::Phylo::Util::CONSTANT" : "Global constants and utility functions",
      "Bio::Phylo::Util::Dependency" : "Utility class for importing external\ndependencies. No serviceable parts inside.",
      "Bio::Phylo::Util::Exceptions" : "Errors ($@) that are objects",
      "Bio::Phylo::Util::IDPool" : "Utility class for generating object IDs. No serviceable parts inside.",
      "Bio::Phylo::Util::Logger" : "Logger of internal messages of several severity\nlevels",
      "Bio::Phylo::Util::OptionalInterface" : "Utility class for managing optional\nsuperclasses. No serviceable parts inside.",
      "Bio::Phylo::Util::StackTrace" : "Stack traces for exceptions"
   },
   "author" : "RVOSA",
   "buildfile_executable" : 0,
   "dir_lib" : "lib",
   "dir_t" : "t",
   "dirs_array" : [
      "lib",
      "lib/Bio",
      "lib/Bio/Phylo",
      "lib/Bio/Phylo/PhyloWS",
      "lib/Bio/Phylo/PhyloWS/Resource",
      "lib/Bio/Phylo/PhyloWS/Service",
      "lib/Bio/Phylo/Taxa",
      "lib/Bio/Phylo/Forest",
      "lib/Bio/Phylo/Util",
      "lib/Bio/Phylo/Parsers",
      "lib/Bio/Phylo/Unparsers",
      "lib/Bio/Phylo/Matrices",
      "lib/Bio/Phylo/Matrices/Datatype",
      "lib/Bio/Phylo/Mediators",
      "lib/Bio/Phylo/Treedrawer",
      "lib/Bio/Phylo/NeXML",
      "lib/Bio/Phylo/NeXML/DOM",
      "lib/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Document",
      "lib/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element",
      "lib/Bio/Phylo/NeXML/Meta",
      "t"
   ],
   "dist" : "Bio-Phylo",
   "dynamic_config" : 0,
   "error" : {
      "metayml_conforms_to_known_spec" : "Missing mandatory field, 'abstract' (abstract) [Validation: 1.4];value is an undefined string (abstract) [Validation: 1.4]",
      "no_invalid_versions" : {
         "lib/Bio/Phylo/EvolutionaryModels.pm" : {
            "Bio::Phylo::EvolutionaryModels" : "    use Bio::Phylo; our $VERSION = $Bio::Phylo::VERSION;"
         }
      },
      "no_pod_errors" : "Bio-Phylo-0.45/lib/Bio/Phylo.pm -- Around line 384:  Expected text after =item, not a bulletAround line 389:  Expected text after =item, not a bulletAround line 394:  Expected text after =item, not a bullet",
      "use_strict" : "Bio::Phylo::Identifiable, Bio::Phylo::Util::Dependency",
      "use_warnings" : "Bio::Phylo::Util::Logger, Bio::Phylo::Parsers::Phyloxml, Bio::Phylo::Unparsers::Nexml, Bio::Phylo::Factory, Bio::Phylo::Unparsers::Json, Bio::Phylo::IO, Bio::Phylo::PhyloWS::Client, Bio::Phylo::Treedrawer::Svg, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom, Bio::Phylo::Unparsers::Pagel, Bio::Phylo::Unparsers::Abstract, Bio::Phylo::Taxa, Bio::Phylo::Treedrawer, Bio::Phylo::Unparsers::Rss1, Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker, Bio::Phylo::Unparsers::Cdao, Bio::Phylo::Forest::DrawNode, Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Timetree, Bio::Phylo::Parsers::Ubiocbmeta, Bio::Phylo::Treedrawer::Swf, Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas, Bio::Phylo::NeXML::Meta, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document, Bio::Phylo::Forest::Tree, Bio::Phylo::Parsers::Ubiometa, Bio::Phylo::Util::IDPool, Bio::Phylo::Listable, Bio::Phylo::Matrices::Characters, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous, Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioClassificationBank, Bio::Phylo::Parsers::Phylip, Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg, Bio::Phylo::Identifiable, Bio::Phylo::Unparsers::Hennig86, Bio::Phylo::Matrices, Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract, Bio::Phylo::Util::Dependency, Bio::Phylo::PhyloWS::Resource, Bio::Phylo::NeXML::Writable, Bio::Phylo::PhyloWS::Service, Bio::Phylo::Parsers::Table, Bio::Phylo::PhyloWS, Bio::Phylo::Project, Bio::Phylo::NeXML::DOM, Bio::Phylo::Parsers::Tolweb, Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf, Bio::Phylo::Forest, Bio::Phylo::Matrices::Datum, Bio::Phylo::Unparsers::Phylip, Bio::Phylo::Util::Exceptions, Bio::Phylo::Unparsers::Nexus, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna, Bio::Phylo::Set, Bio::Phylo::Forest::Node, Bio::Phylo::Parsers::Newick, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein, Bio::Phylo::Unparsers::Phyloxml, Bio::Phylo::Matrices::Matrix, Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral, Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker, Bio::Phylo::Unparsers::Fasta, Bio::Phylo::Taxa::Taxon, Bio::Phylo::Unparsers::Newick, Bio::Phylo::Forest::DrawTree, Bio::Phylo::Parsers::Nexml, Bio::Phylo::NeXML::Entities, Bio::Phylo::Util::OptionalInterface, Bio::Phylo::Treedrawer::Processing, Bio::Phylo::PhyloWS::Resource::Description, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard, Bio::Phylo::Parsers::Ubiosearch, Bio::Phylo::Parsers::Json, Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Tolweb, Bio::Phylo::Util::StackTrace, Bio::Phylo::Matrices::Character, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element, Bio::Phylo, Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator, Bio::Phylo::Parsers::Fasta, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig, Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction, Bio::Phylo::Util::CONSTANT, Bio::Phylo::Matrices::Datatype, Bio::Phylo::Parsers::Abstract, Bio::Phylo::Generator, Bio::Phylo::Treedrawer::Gif, Bio::Phylo::Unparsers::Mrp, Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioNameBank, Bio::Phylo::Parsers::Nexus, Bio::Phylo::Parsers::Taxlist, Bio::Phylo::Treedrawer::Png, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna"
   },
   "extension" : "tar.gz",
   "external_license_file" : "LICENSE",
   "extractable" : 1,
   "extracts_nicely" : 1,
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   "file_blib" : 0,
   "file_build" : 0,
   "file_license" : "LICENSE",
   "file_makefile" : 0,
   "file_makefile_pl" : "Makefile.PL",
   "file_manifest" : "MANIFEST",
   "file_meta_yml" : "META.yml",
   "file_pm_to_blib" : 0,
   "file_readme" : "README.txt",
   "files_array" : [
      "Makefile.PL",
      "README.txt",
      "META.yml",
      "MANIFEST",
      "COPYING",
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      "lib/Bio/Phylo/Forest/DrawNode.pm",
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      "lib/Bio/Phylo/Util/IDPool.pm",
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      "lib/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Rna.pm",
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      "lib/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Document/Twig.pm",
      "lib/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Document/Libxml.pm",
      "lib/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element/Twig.pm",
      "lib/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element/Libxml.pm",
      "lib/Bio/Phylo/NeXML/Meta/XMLLiteral.pm"
   ],
   "files_hash" : {
      "COPYING" : {
         "mtime" : 1268842516,
         "size" : 5910
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      "LICENSE" : {
         "mtime" : 1313986793,
         "size" : 35147
      },
      "MANIFEST" : {
         "mtime" : 1319833310,
         "size" : 4302
      },
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         "mtime" : 1319833310,
         "size" : 477
      },
      "Makefile.PL" : {
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            "ExtUtils::MakeMaker",
            "File::Find",
            "strict",
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         ]
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      "README.txt" : {
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      "lib/Bio/Phylo.pm" : {
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         "noed" : [
            "strict",
            "warnings"
         ],
         "required" : [
            "Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator"
         ],
         "size" : 27698,
         "used" : [
            "Bio::Phylo::Identifiable",
            "Bio::Phylo::Util::CONSTANT",
            "Bio::Phylo::Util::Exceptions",
            "Bio::Phylo::Util::IDPool",
            "Bio::Phylo::Util::Logger",
            "Scalar::Util",
            "strict"
         ]
      },
      "lib/Bio/Phylo/EvolutionaryModels.pm" : {
         "module" : "Bio::Phylo::EvolutionaryModels",
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         "noed" : [
            "warnings"
         ],
         "required" : [
            "threads",
            "threads::shared"
         ],
         "size" : 62181,
         "used" : [
            "Bio::Phylo",
            "Bio::Phylo::Forest",
            "Bio::Phylo::Forest::Tree",
            "Config",
            "Exporter",
            "List::Util",
            "Math::CDF",
            "POSIX",
            "strict",
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         ]
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         "size" : 5717,
         "used" : [
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            "Bio::Phylo::Util::Exceptions",
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         ]
      },
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         "module" : "Bio::Phylo::Forest",
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         "size" : 22790,
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            "Bio::Phylo::Util::Exceptions",
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         ]
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         ]
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         ]
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         "noed" : [
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         "size" : 73572,
         "used" : [
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            "Bio::Phylo::Listable",
            "Bio::Phylo::NeXML::Writable",
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            "Bio::Phylo::Util::Exceptions",
            "Bio::Phylo::Util::OptionalInterface",
            "Scalar::Util",
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         ]
      },
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         "required" : [
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         ],
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         "used" : [
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            "Bio::Phylo::Forest::Node",
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            "List::Util",
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         ]
      },
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         "used" : [
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            "Bio::Phylo::Util::Exceptions",
            "Bio::Phylo::Util::Logger",
            "strict"
         ]
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            "Bio::Phylo::Util::Exceptions",
            "Exporter",
            "IO::File",
            "strict"
         ]
      },
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         "noed" : [
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         ],
         "size" : 33598,
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            "Scalar::Util",
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         ]
      },
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         "license" : "Perl_5",
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         ]
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         "size" : 10181,
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            "Bio::Phylo::Util::Exceptions",
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         ]
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         "size" : 8085,
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         ]
      },
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         "size" : 10130,
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            "Bio::Phylo::Factory",
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            "Bio::Phylo::Util::Exceptions",
            "File::Spec::Unix",
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         ]
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         "size" : 4507,
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            "Bio::Phylo::Util::Exceptions",
            "strict"
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      },
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         "module" : "Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml",
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         "size" : 4919,
         "used" : [
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            "Bio::Phylo::Util::Exceptions",
            "XML::LibXML::Document",
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         ]
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            "Bio::Phylo::Util::Exceptions",
            "XML::Twig",
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         ]
      },
      "lib/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element/Libxml.pm" : {
         "module" : "Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml",
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            "Test::More",
            "strict"
         ]
      },
      "t/41-charstatelabels.t" : {
         "mtime" : 1319831917,
         "no_index" : 1,
         "size" : 2090,
         "used" : [
            "Bio::Phylo::IO",
            "Bio::Phylo::Util::CONSTANT",
            "Test::More",
            "strict"
         ]
      },
      "t/perl-critic.t" : {
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         "no_index" : 1,
         "required_in_eval" : [
            "Test::Perl::Critic"
         ],
         "size" : 502,
         "used" : [
            "English",
            "File::Spec",
            "Test::More",
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            "warnings"
         ]
      },
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         "size" : 300,
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         ],
         "used_in_eval" : [
            "Test::Pod::Coverage"
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         "no_index" : 1,
         "size" : 181,
         "used" : [
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         ],
         "used_in_eval" : [
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         ]
      },
      "t/regress_18208.t" : {
         "mtime" : 1301779763,
         "no_index" : 1,
         "size" : 1237,
         "used" : [
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            "Test::More",
            "strict"
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      },
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         "size" : 2084,
         "used" : [
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            "strict"
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         ]
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         "required_in_eval" : [
            "SVG"
         ],
         "size" : 807,
         "used" : [
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      "t/regress_26332.t" : {
         "mtime" : 1301779763,
         "no_index" : 1,
         "required" : [
            "Bio::Phylo::Treedrawer"
         ],
         "required_in_eval" : [
            "SVG"
         ],
         "size" : 863,
         "used" : [
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         ]
      },
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         "size" : 449,
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            "Test::More",
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         ]
      },
      "t/regress_41070.t" : {
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         "no_index" : 1,
         "required_in_eval" : [
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         ],
         "size" : 929,
         "used" : [
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            "Bio::Phylo::IO",
            "Bio::TreeIO",
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         ]
      },
      "t/regress_51602.t" : {
         "mtime" : 1301779764,
         "no_index" : 1,
         "size" : 609,
         "used" : [
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            "Test::More",
            "strict"
         ]
      },
      "t/regress_52960.t" : {
         "mtime" : 1301779764,
         "no_index" : 1,
         "size" : 828,
         "used" : [
            "Bio::Phylo::IO",
            "Test::More",
            "strict",
            "warnings"
         ]
      }
   },
   "got_prereq_from" : "META.yml",
   "kwalitee" : {
      "buildtool_not_executable" : 1,
      "consistent_version" : 1,
      "easily_repackageable_by_debian" : 1,
      "easily_repackageable_by_fedora" : 1,
      "extractable" : 1,
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      "fits_fedora_license" : 1,
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      "has_buildtool" : 1,
      "has_changelog" : 0,
      "has_human_readable_license" : 1,
      "has_known_license_in_source_file" : 1,
      "has_license_in_source_file" : 1,
      "has_manifest" : 1,
      "has_meta_yml" : 1,
      "has_proper_version" : 1,
      "has_readme" : 1,
      "has_separate_license_file" : 1,
      "has_tests" : 1,
      "has_tests_in_t_dir" : 1,
      "has_version" : 1,
      "kwalitee" : "82.93",
      "manifest_matches_dist" : 1,
      "metayml_conforms_to_known_spec" : 0,
      "metayml_declares_perl_version" : 0,
      "metayml_has_license" : 1,
      "metayml_has_provides" : 0,
      "metayml_has_repository_resource" : 0,
      "metayml_is_parsable" : 1,
      "no_abstract_stub_in_pod" : 1,
      "no_broken_auto_install" : 1,
      "no_broken_module_install" : 1,
      "no_dot_dirs" : 1,
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      "no_generated_files" : 1,
      "no_invalid_versions" : 0,
      "no_local_dirs" : 1,
      "no_mymeta_files" : 1,
      "no_pax_headers" : 1,
      "no_pod_errors" : 0,
      "no_stdin_for_prompting" : 1,
      "no_symlinks" : 1,
      "package_version_matches_dist_version" : 1,
      "portable_filenames" : 1,
      "proper_libs" : 1,
      "use_strict" : 0,
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      "valid_signature" : 1
   },
   "latest_mtime" : 1319833310,
   "license" : "perl defined in META.yml defined in LICENSE",
   "license_file" : "lib/Bio/Phylo/Manual.pod",
   "license_from_yaml" : "perl",
   "license_in_pod" : 1,
   "license_type" : "Perl_5",
   "licenses" : {
      "Perl_5" : [
         "lib/Bio/Phylo/Manual.pod"
      ]
   },
   "manifest_matches_dist" : 1,
   "meta_yml" : {
      "abstract" : null,
      "author" : [
         "Rutger Vos"
      ],
      "build_requires" : {
         "ExtUtils::MakeMaker" : "0"
      },
      "configure_requires" : {
         "ExtUtils::MakeMaker" : "0"
      },
      "distribution_type" : "module",
      "generated_by" : "ExtUtils::MakeMaker version 6.56",
      "license" : "perl",
      "meta-spec" : {
         "url" : "http://module-build.sourceforge.net/META-spec-v1.4.html",
         "version" : "1.4"
      },
      "name" : "Bio-Phylo",
      "no_index" : {
         "directory" : [
            "t",
            "inc"
         ]
      },
      "requires" : {},
      "version" : "0.45"
   },
   "metayml_is_parsable" : 1,
   "modules" : [
      {
         "file" : "lib/Bio/Phylo.pm",
         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo"
      },
      {
         "file" : "lib/Bio/Phylo/Taxa.pm",
         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo::Taxa"
      },
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         "in_basedir" : 0,
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         "module" : "Bio::Phylo::PhyloWS"
      },
      {
         "file" : "lib/Bio/Phylo/Generator.pm",
         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo::Generator"
      },
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         "file" : "lib/Bio/Phylo/Factory.pm",
         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo::Factory"
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         "file" : "lib/Bio/Phylo/Set.pm",
         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo::Set"
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         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo::Forest"
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         "file" : "lib/Bio/Phylo/EvolutionaryModels.pm",
         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo::EvolutionaryModels"
      },
      {
         "file" : "lib/Bio/Phylo/Identifiable.pm",
         "in_basedir" : 0,
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      {
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         "in_basedir" : 0,
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         "module" : "Bio::Phylo::Project"
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         "in_basedir" : 0,
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         "in_basedir" : 0,
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         "in_basedir" : 0,
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      },
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         "file" : "lib/Bio/Phylo/PhyloWS/Service.pm",
         "in_basedir" : 0,
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      },
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         "file" : "lib/Bio/Phylo/PhyloWS/Resource.pm",
         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo::PhyloWS::Resource"
      },
      {
         "file" : "lib/Bio/Phylo/PhyloWS/Resource/Description.pm",
         "in_basedir" : 0,
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         "module" : "Bio::Phylo::PhyloWS::Resource::Description"
      },
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         "file" : "lib/Bio/Phylo/PhyloWS/Service/Timetree.pm",
         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Timetree"
      },
      {
         "file" : "lib/Bio/Phylo/PhyloWS/Service/UbioNameBank.pm",
         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioNameBank"
      },
      {
         "file" : "lib/Bio/Phylo/PhyloWS/Service/Tolweb.pm",
         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Tolweb"
      },
      {
         "file" : "lib/Bio/Phylo/PhyloWS/Service/UbioClassificationBank.pm",
         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioClassificationBank"
      },
      {
         "file" : "lib/Bio/Phylo/Taxa/Taxon.pm",
         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo::Taxa::Taxon"
      },
      {
         "file" : "lib/Bio/Phylo/Taxa/TaxonLinker.pm",
         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker"
      },
      {
         "file" : "lib/Bio/Phylo/Taxa/TaxaLinker.pm",
         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker"
      },
      {
         "file" : "lib/Bio/Phylo/Forest/Node.pm",
         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
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      },
      {
         "file" : "lib/Bio/Phylo/Forest/Tree.pm",
         "in_basedir" : 0,
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      },
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         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo::Forest::DrawNode"
      },
      {
         "file" : "lib/Bio/Phylo/Util/OptionalInterface.pm",
         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo::Util::OptionalInterface"
      },
      {
         "file" : "lib/Bio/Phylo/Util/Logger.pm",
         "in_basedir" : 0,
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      },
      {
         "file" : "lib/Bio/Phylo/Util/CONSTANT.pm",
         "in_basedir" : 0,
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         "module" : "Bio::Phylo::Util::CONSTANT"
      },
      {
         "file" : "lib/Bio/Phylo/Util/StackTrace.pm",
         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo::Util::StackTrace"
      },
      {
         "file" : "lib/Bio/Phylo/Util/Dependency.pm",
         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo::Util::Dependency"
      },
      {
         "file" : "lib/Bio/Phylo/Util/Exceptions.pm",
         "in_basedir" : 0,
         "in_lib" : 1,
         "module" : "Bio::Phylo::Util::Exceptions"
      },
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