Bio-Phylo

Metadata

Analyzed metadata and errors of Bio-Phylo.

{
   "abstracts_in_pod" : {
      "Bio::Phylo" : "Phylogenetic analysis using perl",
      "Bio::Phylo::EvolutionaryModels" : "Evolutionary models for phylogenetic trees and methods to sample these\r\nKlaas Hartmann, September 2007",
      "Bio::Phylo::Factory" : "Creator of objects, reduces hardcoded class names in code",
      "Bio::Phylo::Forest" : "Container for tree objects",
      "Bio::Phylo::Forest::DrawNode" : "Tree node with extra methods for tree drawing",
      "Bio::Phylo::Forest::DrawTree" : "Tree with extra methods for tree drawing",
      "Bio::Phylo::Forest::Node" : "Node in a phylogenetic tree",
      "Bio::Phylo::Forest::NodeRole" : "Extra behaviours for a node in a phylogenetic tree",
      "Bio::Phylo::Forest::Tree" : "Phylogenetic tree",
      "Bio::Phylo::Forest::TreeRole" : "Extra behaviours for a phylogenetic tree",
      "Bio::Phylo::Generator" : "Generator of tree topologies",
      "Bio::Phylo::IO" : "Front end for parsers and serializers",
      "Bio::Phylo::Identifiable" : "Objects with unique identifiers",
      "Bio::Phylo::Listable" : "List of things, super class for many objects",
      "Bio::Phylo::ListableRole" : "Extra functionality for things that are lists",
      "Bio::Phylo::Manual" : "High-level user guide",
      "Bio::Phylo::Matrices" : "Container of matrix objects",
      "Bio::Phylo::Matrices::Character" : "A character (column) in a matrix",
      "Bio::Phylo::Matrices::Characters" : "Container of character objects",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype" : "Validator of character state data",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous" : "Validator subclass,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom" : "Validator subclass,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna" : "Validator subclass,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Illumina" : "Validator subclass,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed" : "Validator subclass,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein" : "Validator subclass,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction" : "Validator subclass,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna" : "Validator subclass,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Sanger" : "Validator subclass,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Solexa" : "Validator subclass,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard" : "Validator subclass,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Matrices::Datum" : "Character state sequence",
      "Bio::Phylo::Matrices::DatumRole" : "Extra behaviours for a character state sequence",
      "Bio::Phylo::Matrices::Matrix" : "Character state matrix",
      "Bio::Phylo::Matrices::MatrixRole" : "Extra behaviours for a character state matrix",
      "Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData" : "Superclass for objects that contain\ncharacter data",
      "Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator" : "Mediator for links between taxa and other objects",
      "Bio::Phylo::NeXML::DOM" : "XML DOM support for Bio::Phylo",
      "Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document" : "XML DOM Abstract class for\nflexible document object model implementation",
      "Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml" : "XML DOM document mappings to the \nC<XML::LibXML> package",
      "Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig" : "XML DOM document mappings to the\nC<XML::Twig> package",
      "Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element" : "XML DOM Abstract class for\nflexible document object model implementation",
      "Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml" : "XML DOM element mappings to the \nC<XML::LibXML> package",
      "Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig" : "XML DOM mappings to the \nXML::Twig package",
      "Bio::Phylo::NeXML::Entities" : "Functions for dealing with XML entities",
      "Bio::Phylo::NeXML::Meta" : "Single predicate/object annotation, attached to an\nxml-writable subject",
      "Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral" : "Annotation value adaptor, no direct usage",
      "Bio::Phylo::NeXML::Writable" : "Superclass for objects that serialize to NeXML",
      "Bio::Phylo::Parsers::Abstract" : "Superclass for parsers used by Bio::Phylo::IO",
      "Bio::Phylo::Parsers::Adjacency" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Fasta" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Fastq" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Figtree" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Json" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Newick" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Nexml" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Nexus" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Phylip" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Phyloxml" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Table" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Taxlist" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Tnrs" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Tolweb" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Ubiocbmeta" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Ubiometa" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable\nparts inside",
      "Bio::Phylo::Parsers::Ubiosearch" : "Parser used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::PhyloWS" : "Base class for phylogenetic web services",
      "Bio::Phylo::PhyloWS::Client" : "Base class for phylogenetic web service clients",
      "Bio::Phylo::PhyloWS::Resource" : "Represents a PhyloWS web resource",
      "Bio::Phylo::PhyloWS::Resource::Description" : "Represents a PhyloWS resource description",
      "Bio::Phylo::PhyloWS::Service" : "Base class for phylogenetic web services",
      "Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Timetree" : "PhyloWS service wrapper for Timetree",
      "Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Tolweb" : "PhyloWS service wrapper for Tree of Life",
      "Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioClassificationBank" : "PhyloWS service wrapper\nfor uBio ClassificationBank records",
      "Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioNameBank" : "PhyloWS service wrapper for uBio\nNameBank records",
      "Bio::Phylo::Project" : "Container for related data",
      "Bio::Phylo::Set" : "Subset of the parts inside a container ",
      "Bio::Phylo::Taxa" : "Container of taxon objects",
      "Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker" : "Superclass for objects that link to taxa objects",
      "Bio::Phylo::Taxa::Taxon" : "Operational taxonomic unit",
      "Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker" : "Superclass for objects that link to taxon objects",
      "Bio::Phylo::Treedrawer" : "Visualizer of tree shapes",
      "Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract" : "Abstract graphics writer used by treedrawer, no\nserviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas" : "Graphics format writer used by treedrawer, no\nserviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Treedrawer::Gif" : "Graphics format writer used by treedrawer, no\nserviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg" : "Graphics format writer used by treedrawer, no\nserviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf" : "Graphics format writer used by treedrawer, no\nserviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Treedrawer::Png" : "Graphics format writer used by treedrawer, no\nserviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Treedrawer::Processing" : "Graphics format writer used by treedrawer,\nno serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Treedrawer::Svg" : "Graphics format writer used by treedrawer, no\nserviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Treedrawer::Swf" : "Graphics format writer used by treedrawer, no\nserviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Abstract" : "Superclass for unparsers used by Bio::Phylo::IO",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Adjacency" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Cdao" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Fasta" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Hennig86" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable\nparts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Html" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable\nparts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Json" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable\nparts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Mrp" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Newick" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Nexml" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Nexus" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Nwmsrdf" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Pagel" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Phylip" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Phyloxml" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Rss1" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable\nparts inside",
      "Bio::Phylo::Unparsers::Taxlist" : "Serializer used by Bio::Phylo::IO, no serviceable\nparts inside",
      "Bio::Phylo::Util::CONSTANT" : "Global constants and utility functions",
      "Bio::Phylo::Util::CONSTANT::Int" : "Integer constants, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Util::Dependency" : "Utility class for importing external\ndependencies. No serviceable parts inside.",
      "Bio::Phylo::Util::Exceptions" : "Errors ($@) that are objects",
      "Bio::Phylo::Util::IDPool" : "Utility class for generating object IDs. No serviceable parts inside.",
      "Bio::Phylo::Util::Logger" : "Logger of internal messages of several severity\nlevels",
      "Bio::Phylo::Util::MOP" : "Meta-object programming, no serviceable parts inside",
      "Bio::Phylo::Util::OptionalInterface" : "Utility class for managing optional\nsuperclasses. No serviceable parts inside.",
      "Bio::Phylo::Util::StackTrace" : "Stack traces for exceptions",
      "Bio::PhyloRole" : "Extra behaviours for the base class"
   },
   "author" : "RVOSA",
   "buildfile_executable" : 0,
   "dir_lib" : "lib",
   "dir_t" : "t",
   "dirs_array" : [
      "lib",
      "lib/Bio",
      "lib/Bio/Phylo",
      "lib/Bio/Phylo/Models",
      "lib/Bio/Phylo/Models/Substitution",
      "lib/Bio/Phylo/Models/Substitution/Dna",
      "lib/Bio/Phylo/PhyloWS",
      "lib/Bio/Phylo/PhyloWS/Resource",
      "lib/Bio/Phylo/PhyloWS/Service",
      "lib/Bio/Phylo/Taxa",
      "lib/Bio/Phylo/Forest",
      "lib/Bio/Phylo/Util",
      "lib/Bio/Phylo/Util/CONSTANT",
      "lib/Bio/Phylo/Parsers",
      "lib/Bio/Phylo/Unparsers",
      "lib/Bio/Phylo/Matrices",
      "lib/Bio/Phylo/Matrices/Datatype",
      "lib/Bio/Phylo/Mediators",
      "lib/Bio/Phylo/Treedrawer",
      "lib/Bio/Phylo/NeXML",
      "lib/Bio/Phylo/NeXML/DOM",
      "lib/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Document",
      "lib/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element",
      "lib/Bio/Phylo/NeXML/Meta",
      "t"
   ],
   "dist" : "Bio-Phylo",
   "dynamic_config" : 1,
   "error" : {
      "no_invalid_versions" : {
         "lib/Bio/Phylo/EvolutionaryModels.pm" : {
            "Bio::Phylo::EvolutionaryModels" : "    use Bio::Phylo; our $VERSION = $Bio::Phylo::VERSION;\r"
         }
      },
      "use_strict" : "Bio::Phylo::Identifiable, Bio::Phylo::Util::CONSTANT::Int, Bio::Phylo::Util::Dependency",
      "use_warnings" : "Bio::Phylo::Unparsers::Fasta, Bio::Phylo::Matrices::Matrix, Bio::Phylo::Forest::DrawTreeRole, Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract, Bio::Phylo::Forest::DrawNodeRole, Bio::Phylo::Taxa, Bio::Phylo::Unparsers::Hennig86, Bio::Phylo::Set, Bio::Phylo::Generator, Bio::Phylo::Unparsers::Cdao, Bio::Phylo::Parsers::Abstract, Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::K80, Bio::Phylo::Forest::TreeRole, Bio::Phylo::NeXML::Entities, Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::F81, Bio::Phylo::Parsers::Fastq, Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna, Bio::Phylo::Project, Bio::Phylo::Treedrawer::Png, Bio::Phylo::Util::Logger, Bio::Phylo::Parsers::Fasta, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard, Bio::Phylo::Unparsers::Rss1, Bio::Phylo::Identifiable, Bio::Phylo::Util::Exceptions, Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document, Bio::Phylo::Util::IDPool, Bio::Phylo::Unparsers::Nexus, Bio::Phylo::Util::OptionalInterface, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed, Bio::Phylo::Parsers::Ubiocbmeta, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein, Bio::Phylo::Unparsers::Mrp, Bio::Phylo::Unparsers::Newick, Bio::Phylo::Treedrawer::Processing, Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral, Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::GTR, Bio::Phylo::ListableRole, Bio::Phylo::PhyloWS, Bio::Phylo::Unparsers::Abstract, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom, Bio::Phylo::NeXML::Writable, Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Tolweb, Bio::Phylo::PhyloWS::Resource::Description, Bio::Phylo::Matrices::Datatype, Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg, Bio::Phylo::Parsers::Phylip, Bio::Phylo::Util::StackTrace, Bio::Phylo::Unparsers::Json, Bio::Phylo::Unparsers::Nexml, Bio::Phylo::Listable, Bio::Phylo::Forest::NodeRole, Bio::Phylo::Unparsers::Taxlist, Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf, Bio::PhyloRole, Bio::Phylo::Unparsers::Nwmsrdf, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Illumina, Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::JC69, Bio::Phylo::Matrices::DatumRole, Bio::Phylo::Parsers::Json, Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Timetree, Bio::Phylo::Parsers::Ubiosearch, Bio::Phylo::Forest, Bio::Phylo::Treedrawer::Svg, Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::HKY85, Bio::Phylo::Util::CONSTANT::Int, Bio::Phylo::Parsers::Nexml, Bio::Phylo::Unparsers::Html, Bio::Phylo::Matrices::Characters, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction, Bio::Phylo::Forest::Tree, Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml, Bio::Phylo::Parsers::Adjacency, Bio::Phylo::Parsers::Tnrs, Bio::Phylo::Forest::Node, Bio::Phylo::Matrices::Datum, Bio::Phylo::NeXML::DOM, Bio::Phylo::PhyloWS::Service, Bio::Phylo::Treedrawer::Swf, Bio::Phylo::Matrices::MatrixRole, Bio::Phylo::Parsers::Nexus, Bio::Phylo::IO, Bio::Phylo::Parsers::Phyloxml, Bio::Phylo::Treedrawer, Bio::Phylo::Util::Dependency, Bio::Phylo::Parsers::Ubiometa, Bio::Phylo::Unparsers::Phyloxml, Bio::Phylo::NeXML::Meta, Bio::Phylo::Util::MOP, Bio::Phylo::Unparsers::Phylip, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Sanger, Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker, Bio::Phylo::PhyloWS::Client, Bio::Phylo::Matrices, Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioClassificationBank, Bio::Phylo, Bio::Phylo::Util::CONSTANT, Bio::Phylo::Parsers::Figtree, Bio::Phylo::Matrices::Character, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml, Bio::Phylo::Treedrawer::Gif, Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioNameBank, Bio::Phylo::Parsers::Taxlist, Bio::Phylo::Parsers::Tolweb, Bio::Phylo::Unparsers::Adjacency, Bio::Phylo::PhyloWS::Resource, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna, Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas, Bio::Phylo::Unparsers::Pagel, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous, Bio::Phylo::Factory, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig, Bio::Phylo::Parsers::Table, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig, Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker, Bio::Phylo::Taxa::Taxon, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Solexa"
   },
   "extension" : "tar.gz",
   "external_license_file" : "COPYING",
   "extractable" : 1,
   "extracts_nicely" : 1,
   "file__build" : 0,
   "file_blib" : 0,
   "file_build" : 0,
   "file_license" : "LICENSE",
   "file_makefile" : 0,
   "file_makefile_pl" : "Makefile.PL",
   "file_manifest" : "MANIFEST",
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   "file_readme" : "README.md",
   "files_array" : [
      "META.json",
      "README.md",
      "Makefile.PL",
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      "lib/Bio/Phylo/Taxa.pm",
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      "lib/Bio/Phylo/Factory.pm",
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      "lib/Bio/Phylo/Set.pm",
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      "lib/Bio/Phylo/EvolutionaryModels.pm",
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      "lib/Bio/Phylo/Treedrawer.pm",
      "lib/Bio/Phylo/IO.pm",
      "lib/Bio/Phylo/Matrices.pm",
      "lib/Bio/Phylo/Listable.pm",
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   "license_file" : "lib/Bio/Phylo/Manual.pod",
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         "lib/Bio/Phylo/Manual.pod"
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   "meta_json_is_parsable" : 1,
   "meta_json_spec_version" : "2",
   "meta_yml" : {
      "abstract" : "An object-oriented Perl toolkit for analyzing and manipulating phyloinformatic data.",
      "author" : [
         "Rutger Vos"
      ],
      "build_requires" : {
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         "ExtUtils::MakeMaker" : "0"
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      "generated_by" : "ExtUtils::MakeMaker version 6.8, CPAN::Meta::Converter version 2.132830",
      "license" : "perl",
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         "url" : "http://module-build.sourceforge.net/META-spec-v1.4.html",
         "version" : "1.4"
      },
      "name" : "Bio-Phylo",
      "no_index" : {
         "directory" : [
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         ]
      },
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      "resources" : {
         "MailingList" : "mailto:bio-phylo@googlegroups.com",
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         "homepage" : "http://biophylo.blogspot.com/",
         "license" : "http://dev.perl.org/licenses/",
         "repository" : "git://github.com/rvosa/bio-phylo.git"
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   "meta_yml_spec_version" : "1.4",
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      {
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      {
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