Bio-Chado-Schema 0.08200
- Released by
- RBUELS
- Version
- Release Date
- 2011-09-20
- Kwalitee
- 153.12
- Core Kwalitee
- 100
- LINKS
Bio-Chado-Schema 0.08200
Kwalitee Issues
This is not the latest release. The following issues may have already been fixed in the newer releases.
No Core Issues.
- meta_yml_declares_perl_version
-
If you are using Build.PL define the {requires}{perl} = VERSION field. If you are using MakeMaker (Makefile.PL) you should upgrade ExtUtils::MakeMaker to 6.48 and use MIN_PERL_VERSION parameter. Perl::MinimumVersion can help you determine which version of Perl your module needs.
- use_warnings
-
Add 'use warnings' (or its equivalents) to all modules, or convince us that your favorite module is well-known enough and people can easily see the modules warn when something bad happens.
Error: Bio::Chado::Schema::Util
- meta_yml_has_provides
-
Add all modules contained in this distribution to the META.yml field 'provides'. Module::Build or Dist::Zilla::Plugin::MetaProvides do this automatically for you.
Modules
| Name | Abstract | Version | View |
|---|---|---|---|
| Bio::Chado::Schema | A standard DBIx::Class layer for the Chado database schema. | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLine | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineCvterm | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineCvtermprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineDbxref | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineFeature | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineLibrary | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLinePub | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineRelationship | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineSynonym | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLinepropPub | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Companalysis::Analysis | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Companalysis::Analysisfeature | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Companalysis::Analysisfeatureprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Companalysis::Analysisprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Composite::AllFeatureNames | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Composite::Dfeatureloc | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FLoc | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FType | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureContains | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureDifference | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureDisjoint | featurelocs do not meet. symmetric | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureDistance | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureIntersection | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureMeets | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureMeetsOnSameStrand | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureUnion | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeaturesetMeets | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FnrType | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FpKey | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Composite::Gff3atts | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Composite::Gff3view | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Composite::Gffatts | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Contact::Contact | Model persons, institutes, groups, organizations, etc. | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Contact::ContactRelationship | Model relationships between contacts | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CommonAncestorCvterm | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CommonDescendantCvterm | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cv | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvCvtermCount | per-cv terms counts (excludes obsoletes) | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvCvtermCountWithObs | per-cv terms counts (includes obsoletes) | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvLeaf | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvLinkCount | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvPathCount | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvRoot | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cvprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cvterm | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvtermDbxref | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvtermRelationship | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cvtermpath | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cvtermprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cvtermsynonym | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Dbxrefprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Cv::StatsPathsToRoot | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Expression::Eimage | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Expression::Expression | The expression table is essentially a bridge table. | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Expression::ExpressionCvterm | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Expression::ExpressionCvtermprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Expression::ExpressionImage | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Expression::ExpressionPub | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Expression::Expressionprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Expression::FeatureExpression | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Expression::FeatureExpressionprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::General::Db | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::General::DbDbxrefCount | per-db dbxref counts | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::General::Dbxref | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::General::Tableinfo | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::Environment | The environmental component of a phenotype description. | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::EnvironmentCvterm | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::FeatureGenotype | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::Genotype | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::Phendesc | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::PhenotypeComparison | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::PhenotypeComparisonCvterm | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::Phenstatement | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Library::Library | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Library::LibraryCvterm | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Library::LibraryDbxref | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Library::LibraryFeature | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Library::LibraryPub | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Library::LibrarySynonym | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Library::Libraryprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Library::LibrarypropPub | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Acquisition | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::AcquisitionRelationship | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Acquisitionprop | Parameters associated with image acquisition. | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Arraydesign | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Arraydesignprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Assay | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::AssayBiomaterial | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::AssayProject | Link assays to projects. | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Assayprop | Extra assay properties that are not accounted for in assay. | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Biomaterial | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::BiomaterialDbxref | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::BiomaterialRelationship | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::BiomaterialTreatment | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Biomaterialprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Channel | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Control | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Element | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::ElementRelationship | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Elementresult | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::ElementresultRelationship | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Magedocumentation | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Mageml | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Protocol | Procedural notes on how data was prepared and processed. | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Protocolparam | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Quantification | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::QuantificationRelationship | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Quantificationprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Study | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::StudyAssay | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Studydesign | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Studydesignprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Studyfactor | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Studyfactorvalue | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Studyprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::StudypropFeature | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Treatment | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Map::Featuremap | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Map::FeaturemapPub | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Map::Featurepos | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Map::Featurerange | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperiment | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentContact | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentDbxref | Cross-reference experiment to accessions, images, etc | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentGenotype | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentPhenotype | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentProject | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentProtocol | Linking table: experiments to the protocols they involve. | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentPub | Linking nd_experiment(s) to publication(s) | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentStock | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentStockDbxref | Cross-reference experiment_stock to accessions, images, etc | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentStockprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdGeolocation | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdGeolocationprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdProtocol | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdProtocolReagent | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdProtocolprop | Property/value associations for protocol. | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdReagent | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdReagentRelationship | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdReagentprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Organism::Organism | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Organism::OrganismDbxref | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Organism::Organismprop | Tag-value properties - follows standard chado model. | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Phenotype::FeaturePhenotype | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Phenotype::Phenotype | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Phenotype::PhenotypeCvterm | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::Phylonode | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::PhylonodeDbxref | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::PhylonodeOrganism | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::PhylonodePub | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::PhylonodeRelationship | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::Phylonodeprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::Phylotree | Global anchor for phylogenetic tree. | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::PhylotreePub | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Project::Project | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Project::ProjectContact | Linking project(s) to contact(s) | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Project::ProjectPub | Linking project(s) to publication(s) | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Project::ProjectRelationship | A project can be composed of several smaller scale projects | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Project::Projectprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Pub::Pub | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Pub::PubDbxref | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Pub::PubRelationship | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Pub::Pubauthor | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Pub::Pubprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::Cvtermsynonym | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::Feature | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureCvterm | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureCvtermDbxref | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureCvtermPub | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureCvtermprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureDbxref | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeaturePub | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeaturePubprop | Property or attribute of a feature_pub link. | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureRelationship | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureRelationshipPub | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureRelationshipprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureRelationshippropPub | Provenance for feature_relationshipprop. | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureSynonym | Linking table between feature and synonym. | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::Featureloc | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeaturelocPub | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::Featureprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeaturepropPub | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::IntronCombinedView | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::IntronlocView | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::ProteinCodingGene | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::Synonym | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::TypeFeatureCount | per-feature-type feature counts | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Result::Stock::Stock | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockCvterm | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockCvtermprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockDbxref | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockDbxrefprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockGenotype | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockPub | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockRelationship | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockRelationshipCvterm | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockRelationshipPub | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Stock::Stockcollection | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockcollectionStock | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Stock::Stockcollectionprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Stock::Stockprop | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockpropPub | 0.08200 | metacpan | |
| Bio::Chado::Schema::Test | Library to be used by Bio::Chado::Schema test scripts. | 0.08200 | metacpan |
| Bio::Chado::Schema::Util | utility functions shared by Bio::Chado::Schema objects | 0.08200 | metacpan |
Provides
| Name | File | View |
|---|---|---|
| Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cvterm::ResultSet | lib/Bio/Chado/Schema/Result/Cv/Cvterm.pm | metacpan |