Errors

manifest_matches_dist

• MANIFEST (106) does not match dist (122):
• Missing in MANIFEST: ._README.txt, lib/Bio/Phylo/NeXML/._DOM.pm, lib/Bio/Phylo/NeXML/._Meta.pm, lib/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Document/._Libxml.pm, lib/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Document/._Twig.pm, lib/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element/._Libxml.pm, lib/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element/._Twig.pm, lib/Bio/Phylo/NeXML/Meta/._XMLLiteral.pm, lib/Bio/Phylo/Util/._StackTrace.pm, t/._25-dom-mapping.t, t/._28-reroot.t, t/._perl-critic.t, t/._perlcriticrc, t/._regress_35511.t, t/._regress_51602.t, t/._regress_52960.t

meta_yml_conforms_to_known_spec

Expected a map structure from string or file. (requires) [Validation: 1.3];License '<undef>' is invalid (license) [Validation: 1.3];Missing mandatory field, 'abstract' (abstract) [Validation: 1.3];Missing mandatory field, 'license' (license) [Validation: 1.3];value is an undefined string (abstract) [Validation: 1.3]

no_dot_underscore_files

• ._README.txt
• lib/Bio/Phylo/NeXML/._DOM.pm
• lib/Bio/Phylo/NeXML/._Meta.pm
• lib/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Document/._Libxml.pm
• lib/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Document/._Twig.pm
• lib/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element/._Libxml.pm
• lib/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element/._Twig.pm
• lib/Bio/Phylo/NeXML/Meta/._XMLLiteral.pm
• lib/Bio/Phylo/Util/._StackTrace.pm
• t/._25-dom-mapping.t
• t/._28-reroot.t
• t/._perl-critic.t
• t/._perlcriticrc
• t/._regress_35511.t
• t/._regress_51602.t
• t/._regress_52960.t

no_invalid_versions

• lib/Bio/Phylo/Parsers/Nexml.pm: HASH(0x55607c9b3de8)
• lib/Bio/Phylo/Parsers/Tolweb.pm: HASH(0x55607c9020e0)
• lib/Bio/Phylo/Unparsers/Nexml.pm: HASH(0x55607c887390)

use_strict

Bio::Phylo::NeXML::._DOM, Bio::Phylo::NeXML::._Meta, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::._Libxml, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::._Twig, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::._Libxml, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::._Twig, Bio::Phylo::NeXML::Meta::._XMLLiteral, Bio::Phylo::Util::._StackTrace

use_warnings

Bio::Phylo, Bio::Phylo::Factory, Bio::Phylo::Forest, Bio::Phylo::Forest::DrawNode, Bio::Phylo::Forest::DrawTree, Bio::Phylo::Forest::Node, Bio::Phylo::Forest::Tree, Bio::Phylo::Generator, Bio::Phylo::IO, Bio::Phylo::Listable, Bio::Phylo::Matrices, Bio::Phylo::Matrices::Datatype, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard, Bio::Phylo::Matrices::Datum, Bio::Phylo::Matrices::Matrix, Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData, Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator, Bio::Phylo::NeXML::._DOM, Bio::Phylo::NeXML::._Meta, Bio::Phylo::NeXML::DOM, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::._Libxml, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::._Twig, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::._Libxml, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::._Twig, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml, Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig, Bio::Phylo::NeXML::Meta, Bio::Phylo::NeXML::Meta::._XMLLiteral, Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral, Bio::Phylo::NeXML::Writable, Bio::Phylo::Parsers::Newick, Bio::Phylo::Parsers::Nexml, Bio::Phylo::Parsers::Nexus, Bio::Phylo::Parsers::Table, Bio::Phylo::Parsers::Taxlist, Bio::Phylo::Project, Bio::Phylo::Set, Bio::Phylo::Taxa, Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker, Bio::Phylo::Taxa::Taxon, Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker, Bio::Phylo::Treedrawer, Bio::Phylo::Treedrawer::Svg, Bio::Phylo::Unparsers::Mrp, Bio::Phylo::Unparsers::Newick, Bio::Phylo::Unparsers::Nexml, Bio::Phylo::Unparsers::Nexus, Bio::Phylo::Unparsers::Pagel, Bio::Phylo::Util::._StackTrace, Bio::Phylo::Util::CONSTANT, Bio::Phylo::Util::Exceptions, Bio::Phylo::Util::IDPool, Bio::Phylo::Util::Logger, Bio::Phylo::Util::StackTrace