Bio-Chado-Schema 0.06001

Released by
RBUELS
Version
Release Date
2010-08-19
Kwalitee
156.25
Core Kwalitee
100
LINKS

Kwalitee Issues

No Core Issues.

has_meta_json

Add a META.json to the distribution. Your buildtool should be able to autogenerate it.

has_security_doc

Add SECURITY(.pod|md). See Software::Security::Policy.

security_doc_contains_contact

Add SECURITY(.pod|md) and add a contact address. See Software::Security::Policy.

has_contributing_doc

Add CONTRIBUTING(.pod|md). See https://docs.github.com/en/communities/setting-up-your-project-for-healthy-contributions/setting-guidelines-for-repository-contributors.

Modules

Name Abstract Version View
Bio::Chado::Schema standard DBIx::Class layer for the Chado database schema 0.06001 metacpan
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLine metacpan
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineCvterm metacpan
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineCvtermprop metacpan
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineDbxref metacpan
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineFeature metacpan
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineLibrary metacpan
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLinePub metacpan
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineRelationship metacpan
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineSynonym metacpan
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineprop metacpan
Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLinepropPub metacpan
Bio::Chado::Schema::Companalysis::Analysis metacpan
Bio::Chado::Schema::Companalysis::Analysisfeature metacpan
Bio::Chado::Schema::Companalysis::Analysisfeatureprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Companalysis::Analysisprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Composite::AllFeatureNames metacpan
Bio::Chado::Schema::Composite::Dfeatureloc metacpan
Bio::Chado::Schema::Composite::FLoc metacpan
Bio::Chado::Schema::Composite::FType metacpan
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureContains metacpan
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureDifference metacpan
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureDisjoint featurelocs do not meet. symmetric metacpan
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureDistance metacpan
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureIntersection metacpan
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureMeets metacpan
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureMeetsOnSameStrand metacpan
Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureUnion metacpan
Bio::Chado::Schema::Composite::FeaturesetMeets metacpan
Bio::Chado::Schema::Composite::FnrType metacpan
Bio::Chado::Schema::Composite::FpKey metacpan
Bio::Chado::Schema::Composite::Gff3atts metacpan
Bio::Chado::Schema::Composite::Gff3view metacpan
Bio::Chado::Schema::Composite::Gffatts metacpan
Bio::Chado::Schema::Contact::Contact Model persons, institutes, groups, organizations, etc. metacpan
Bio::Chado::Schema::Contact::ContactRelationship Model relationships between contacts metacpan
Bio::Chado::Schema::Cv::CommonAncestorCvterm metacpan
Bio::Chado::Schema::Cv::CommonDescendantCvterm metacpan
Bio::Chado::Schema::Cv::Cv metacpan
Bio::Chado::Schema::Cv::CvCvtermCount per-cv terms counts (excludes obsoletes) metacpan
Bio::Chado::Schema::Cv::CvCvtermCountWithObs per-cv terms counts (includes obsoletes) metacpan
Bio::Chado::Schema::Cv::CvLeaf metacpan
Bio::Chado::Schema::Cv::CvLinkCount metacpan
Bio::Chado::Schema::Cv::CvPathCount metacpan
Bio::Chado::Schema::Cv::CvRoot metacpan
Bio::Chado::Schema::Cv::Cvterm metacpan
Bio::Chado::Schema::Cv::Cvterm::ResultSet metacpan
Bio::Chado::Schema::Cv::CvtermDbxref metacpan
Bio::Chado::Schema::Cv::CvtermRelationship metacpan
Bio::Chado::Schema::Cv::Cvtermpath metacpan
Bio::Chado::Schema::Cv::Cvtermprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Cv::Cvtermsynonym metacpan
Bio::Chado::Schema::Cv::Dbxrefprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Cv::StatsPathsToRoot metacpan
Bio::Chado::Schema::Expression::Eimage metacpan
Bio::Chado::Schema::Expression::Expression The expression table is essentially a bridge table. metacpan
Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionCvterm metacpan
Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionCvtermprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionImage metacpan
Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionPub metacpan
Bio::Chado::Schema::Expression::Expressionprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Expression::FeatureExpression metacpan
Bio::Chado::Schema::Expression::FeatureExpressionprop metacpan
Bio::Chado::Schema::General::Db metacpan
Bio::Chado::Schema::General::DbDbxrefCount per-db dbxref counts metacpan
Bio::Chado::Schema::General::Dbxref metacpan
Bio::Chado::Schema::General::Project metacpan
Bio::Chado::Schema::General::Tableinfo metacpan
Bio::Chado::Schema::Genetic::Environment The environmental component of a phenotype description. metacpan
Bio::Chado::Schema::Genetic::EnvironmentCvterm metacpan
Bio::Chado::Schema::Genetic::FeatureGenotype metacpan
Bio::Chado::Schema::Genetic::Genotype metacpan
Bio::Chado::Schema::Genetic::Phendesc metacpan
Bio::Chado::Schema::Genetic::PhenotypeComparison metacpan
Bio::Chado::Schema::Genetic::PhenotypeComparisonCvterm metacpan
Bio::Chado::Schema::Genetic::Phenstatement metacpan
Bio::Chado::Schema::Library::Library metacpan
Bio::Chado::Schema::Library::LibraryCvterm metacpan
Bio::Chado::Schema::Library::LibraryDbxref metacpan
Bio::Chado::Schema::Library::LibraryFeature metacpan
Bio::Chado::Schema::Library::LibraryPub metacpan
Bio::Chado::Schema::Library::LibrarySynonym metacpan
Bio::Chado::Schema::Library::Libraryprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Library::LibrarypropPub metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Acquisition metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::AcquisitionRelationship metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Acquisitionprop Parameters associated with image acquisition. metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Arraydesign metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Arraydesignprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Assay metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::AssayBiomaterial metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::AssayProject Link assays to projects. metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Assayprop Extra assay properties that are not accounted for in assay. metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Biomaterial metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::BiomaterialDbxref metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::BiomaterialRelationship metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::BiomaterialTreatment metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Biomaterialprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Channel metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Control metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Element metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::ElementRelationship metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Elementresult metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::ElementresultRelationship metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Magedocumentation metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Mageml metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Protocol Procedural notes on how data was prepared and processed. metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Protocolparam metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Quantification metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::QuantificationRelationship metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Quantificationprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Study metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::StudyAssay metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Studydesign metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Studydesignprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Studyfactor metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Studyfactorvalue metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Studyprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::StudypropFeature metacpan
Bio::Chado::Schema::Mage::Treatment metacpan
Bio::Chado::Schema::Map::Featuremap metacpan
Bio::Chado::Schema::Map::FeaturemapPub metacpan
Bio::Chado::Schema::Map::Featurepos metacpan
Bio::Chado::Schema::Map::Featurerange metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperiment metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentContact metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentDbxref Cross-reference experiment to accessions, images, etc metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentGenotype metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentPhenotype metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentProject metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentProtocol Linking table: experiments to the protocols they involve. metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentPub Linking nd_experiment(s) to publication(s) metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentStock metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentStockDbxref Cross-reference experiment_stock to accessions, images, etc metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentStockprop metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentprop metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdGeolocation metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdGeolocationprop metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdProtocol metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdProtocolReagent metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdProtocolprop Property/value associations for protocol. metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdReagent metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdReagentRelationship metacpan
Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdReagentprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Organism::Organism metacpan
Bio::Chado::Schema::Organism::OrganismDbxref metacpan
Bio::Chado::Schema::Organism::Organismprop Tag-value properties - follows standard chado model. metacpan
Bio::Chado::Schema::Phenotype::FeaturePhenotype metacpan
Bio::Chado::Schema::Phenotype::Phenotype metacpan
Bio::Chado::Schema::Phenotype::PhenotypeCvterm metacpan
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::Phylonode metacpan
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodeDbxref metacpan
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodeOrganism metacpan
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodePub metacpan
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodeRelationship metacpan
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::Phylonodeprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::Phylotree Global anchor for phylogenetic tree. metacpan
Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylotreePub metacpan
Bio::Chado::Schema::Project::Project metacpan
Bio::Chado::Schema::Project::ProjectContact Linking project(s) to contact(s) metacpan
Bio::Chado::Schema::Project::ProjectPub Linking project(s) to publication(s) metacpan
Bio::Chado::Schema::Project::ProjectRelationship A project can be composed of several smaller scale projects metacpan
Bio::Chado::Schema::Project::Projectprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Pub::Pub metacpan
Bio::Chado::Schema::Pub::PubDbxref metacpan
Bio::Chado::Schema::Pub::PubRelationship metacpan
Bio::Chado::Schema::Pub::Pubauthor metacpan
Bio::Chado::Schema::Pub::Pubprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::Cvtermsynonym metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::Feature metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvterm metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvtermDbxref metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvtermPub metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvtermprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureDbxref metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturePub metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturePubprop Property or attribute of a feature_pub link. metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationship metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationshipPub metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationshipprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationshippropPub Provenance for feature_relationshipprop. metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureSynonym Linking table between feature and synonym. metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::Featureloc metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturelocPub metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::Featureprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturepropPub metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::IntronCombinedView metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::IntronlocView metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::ProteinCodingGene metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::Synonym metacpan
Bio::Chado::Schema::Sequence::TypeFeatureCount per-feature-type feature counts metacpan
Bio::Chado::Schema::Stock::Stock metacpan
Bio::Chado::Schema::Stock::StockCvterm metacpan
Bio::Chado::Schema::Stock::StockDbxref metacpan
Bio::Chado::Schema::Stock::StockGenotype metacpan
Bio::Chado::Schema::Stock::StockPub metacpan
Bio::Chado::Schema::Stock::StockRelationship metacpan
Bio::Chado::Schema::Stock::StockRelationshipCvterm metacpan
Bio::Chado::Schema::Stock::StockRelationshipPub metacpan
Bio::Chado::Schema::Stock::Stockcollection metacpan
Bio::Chado::Schema::Stock::StockcollectionStock metacpan
Bio::Chado::Schema::Stock::Stockcollectionprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Stock::Stockprop metacpan
Bio::Chado::Schema::Stock::StockpropPub metacpan
Bio::Chado::Schema::Util utility functions shared by Bio::Chado::Schema objects metacpan

Other Files
Build.PL metacpan
Changes metacpan
MANIFEST metacpan
META.yml metacpan
README metacpan