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• Bio::Align::DNAStatistics
• Bio::Align::Utilities
• Bio::AlignIO
• Bio::CodonUsage::IO
• Bio::LocatableSeq
• Bio::SearchIO
• Bio::Seq
• Bio::SeqIO
• Bio::SeqUtils
• Bio::SimpleAlign
• Bio::Tools::CodonTable
• Bio::Tools::IUPAC
• Bio::Tools::SeqStats
• Bio::Tools::pICalculator
• Bio::Tree::Node
• Bio::Tree::Tree
• Bio::Tree::TreeFunctionsI
• Bio::TreeIO