Errors

manifest_matches_dist

• MANIFEST (88) does not match dist (92):
• Missing in MANIFEST: t/._20-nexml.t, t/._regress_18208.t, t/._regress_35511.t, t/._regress_41070.t

meta_yml_conforms_to_known_spec

Expected a map structure from string or file. (requires) [Validation: 1.0]

no_dot_underscore_files

• t/._20-nexml.t
• t/._regress_18208.t
• t/._regress_35511.t
• t/._regress_41070.t

no_invalid_versions

• lib/Bio/Phylo/Parsers/Nexml.pm: HASH(0x5609d5868158)
• lib/Bio/Phylo/Parsers/Tolweb.pm: HASH(0x5609d5855498)
• lib/Bio/Phylo/Unparsers/Nexml.pm: HASH(0x5609d5860398)

use_strict

Bio::Phylo::Factory, Bio::Phylo::Set

use_warnings

Bio::Phylo, Bio::Phylo::Annotation, Bio::Phylo::Dictionary, Bio::Phylo::Factory, Bio::Phylo::Forest, Bio::Phylo::Forest::DrawNode, Bio::Phylo::Forest::DrawTree, Bio::Phylo::Forest::Node, Bio::Phylo::Forest::Tree, Bio::Phylo::Generator, Bio::Phylo::IO, Bio::Phylo::Listable, Bio::Phylo::Matrices, Bio::Phylo::Matrices::Datatype, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna, Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard, Bio::Phylo::Matrices::Datum, Bio::Phylo::Matrices::Matrix, Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData, Bio::Phylo::Mediators::NodeMediator, Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator, Bio::Phylo::Parsers::Newick, Bio::Phylo::Parsers::Nexml, Bio::Phylo::Parsers::Nexus, Bio::Phylo::Parsers::Table, Bio::Phylo::Parsers::Taxlist, Bio::Phylo::Project, Bio::Phylo::Set, Bio::Phylo::Taxa, Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker, Bio::Phylo::Taxa::Taxon, Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker, Bio::Phylo::Treedrawer, Bio::Phylo::Treedrawer::Svg, Bio::Phylo::Unparsers::Mrp, Bio::Phylo::Unparsers::Newick, Bio::Phylo::Unparsers::Nexml, Bio::Phylo::Unparsers::Nexus, Bio::Phylo::Unparsers::Pagel, Bio::Phylo::Util::CONSTANT, Bio::Phylo::Util::Exceptions, Bio::Phylo::Util::IDPool, Bio::Phylo::Util::Logger, Bio::Phylo::Util::XMLWritable