Files

• Changes
• MANIFEST
• Makefile.PL
• README
• extras/testfiles/1JB0.pdb
• extras/testfiles/1jb0A.bin
• extras/testfiles/classfile
• lib/Wurst.pm
• pod/coding.pod
• pod/server_notes
• pod/wurst.pod
• src/Makefile.PL
• src/Wurst.xs
• src/typemap
• src/wurstsrc/CODE_RULES
• src/wurstsrc/Makefile.PL
• src/wurstsrc/TODO
• src/wurstsrc/align.c
• src/wurstsrc/align_i.h
• src/wurstsrc/altscores.c
• src/wurstsrc/altscores.h
• src/wurstsrc/amino_a.c
• src/wurstsrc/amino_a.h
• src/wurstsrc/bad_angle.h
• src/wurstsrc/binver.c
• src/wurstsrc/binver.h
• src/wurstsrc/class_model.c
• src/wurstsrc/class_model.h
• src/wurstsrc/classifyStructure.c
• src/wurstsrc/classifyStructure.h
• src/wurstsrc/cmp_dmat.c
• src/wurstsrc/cmp_dmat_i.h
• src/wurstsrc/common.c
• src/wurstsrc/compound.c
• src/wurstsrc/compound.h
• src/wurstsrc/coord.c
• src/wurstsrc/coord.h
• src/wurstsrc/coord_i.h
• src/wurstsrc/coordinfo.c
• src/wurstsrc/coordinfo_i.h
• src/wurstsrc/cp_cc_allat+0.h
• src/wurstsrc/dbg.c
• src/wurstsrc/dbg.h
• src/wurstsrc/depend
• src/wurstsrc/dihedral.c
• src/wurstsrc/dihedral.h
• src/wurstsrc/e_malloc.c
• src/wurstsrc/e_malloc.h
• src/wurstsrc/fio.c
• src/wurstsrc/fio.h
• src/wurstsrc/fx.h
• src/wurstsrc/geo_gap.c
• src/wurstsrc/geo_gap.h
• src/wurstsrc/gsldir/COPYING
• src/wurstsrc/gsldir/Makefile.PL
• src/wurstsrc/gsldir/README
• src/wurstsrc/gsldir/blas.c
• src/wurstsrc/gsldir/block_init.c
• src/wurstsrc/gsldir/block_init_source.c
• src/wurstsrc/gsldir/cblas.h
• src/wurstsrc/gsldir/cheb_eval.c
• src/wurstsrc/gsldir/chebyshev.h
• src/wurstsrc/gsldir/copy.c
• src/wurstsrc/gsldir/copy_source.c
• src/wurstsrc/gsldir/ddot.c
• src/wurstsrc/gsldir/dgemm.c
• src/wurstsrc/gsldir/dgemv.c
• src/wurstsrc/gsldir/dtrmv.c
• src/wurstsrc/gsldir/dtrsv.c
• src/wurstsrc/gsldir/erfc.c
• src/wurstsrc/gsldir/error.c
• src/wurstsrc/gsldir/error.h
• src/wurstsrc/gsldir/eval.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_blas.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_blas_types.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_block.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_block_double.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_cblas.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_check_range.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_complex.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_complex_math.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_errno.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_linalg.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_machine.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_math.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_matrix_double.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_message.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_mode.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_nan.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_permutation.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_permute.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_permute_double.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_permute_vector_double.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_pow_int.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_precision.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_sf_erf.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_sf_exp.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_sf_result.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_sys.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_types.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_vector.h_old
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_vector_complex.h
• src/wurstsrc/gsldir/gsl_vector_double.h
• src/wurstsrc/gsldir/init.c
• src/wurstsrc/gsldir/init_source.c
• src/wurstsrc/gsldir/lu.c
• src/wurstsrc/gsldir/math.c
• src/wurstsrc/gsldir/matrix.c
• src/wurstsrc/gsldir/matrix_init.c
• src/wurstsrc/gsldir/matrix_init_source.c
• src/wurstsrc/gsldir/matrix_rowcol.c
• src/wurstsrc/gsldir/matrix_rowcol_source.c
• src/wurstsrc/gsldir/matrix_source.c
• src/wurstsrc/gsldir/matrix_swap.c
• src/wurstsrc/gsldir/matrix_swap_source.c
• src/wurstsrc/gsldir/matrix_view.c
• src/wurstsrc/gsldir/matrix_view.h
• src/wurstsrc/gsldir/matrix_view_source.c
• src/wurstsrc/gsldir/minmax.c
• src/wurstsrc/gsldir/minmax_source.c
• src/wurstsrc/gsldir/oper.c
• src/wurstsrc/gsldir/oper_source.c
• src/wurstsrc/gsldir/permutation.c
• src/wurstsrc/gsldir/permutation_init.c
• src/wurstsrc/gsldir/permute.c
• src/wurstsrc/gsldir/permute_source.c
• src/wurstsrc/gsldir/prop.c
• src/wurstsrc/gsldir/prop_source.c
• src/wurstsrc/gsldir/source_dot_r.h
• src/wurstsrc/gsldir/source_gemm_r.h
• src/wurstsrc/gsldir/source_gemv_r.h
• src/wurstsrc/gsldir/source_trmv_r.h
• src/wurstsrc/gsldir/source_trsv_r.h
• src/wurstsrc/gsldir/stream.c
• src/wurstsrc/gsldir/strerror.c
• src/wurstsrc/gsldir/subvector.c
• src/wurstsrc/gsldir/subvector_source.c
• src/wurstsrc/gsldir/swap.c
• src/wurstsrc/gsldir/swap_source.c
• src/wurstsrc/gsldir/templates_off.h
• src/wurstsrc/gsldir/templates_on.h
• src/wurstsrc/gsldir/vector.c
• src/wurstsrc/gsldir/vector_source.c
• src/wurstsrc/gsldir/view.c
• src/wurstsrc/gsldir/view.h
• src/wurstsrc/gsldir/view_source.c
• src/wurstsrc/lsqf.c
• src/wurstsrc/lsqf.h
• src/wurstsrc/matrix.c
• src/wurstsrc/matrix.h
• src/wurstsrc/mgc_num.c
• src/wurstsrc/mgc_num.h
• src/wurstsrc/misc.c
• src/wurstsrc/misc.h
• src/wurstsrc/model.c
• src/wurstsrc/model.h
• src/wurstsrc/mprintf.c
• src/wurstsrc/mprintf.h
• src/wurstsrc/multialign.c
• src/wurstsrc/multialign.h
• src/wurstsrc/pair_set.c
• src/wurstsrc/pair_set.h
• src/wurstsrc/pair_set_chim.c
• src/wurstsrc/pair_set_chim.h
• src/wurstsrc/pair_set_i.h
• src/wurstsrc/pair_set_p.c
• src/wurstsrc/pair_set_p_i.h
• src/wurstsrc/param_fx.c
• src/wurstsrc/param_fx_i.h
• src/wurstsrc/pdbin.c
• src/wurstsrc/pdbin_i.h
• src/wurstsrc/pdbout.c
• src/wurstsrc/pdbout_i.h
• src/wurstsrc/prob_vec.c
• src/wurstsrc/prob_vec.h
• src/wurstsrc/prob_vec_i.h
• src/wurstsrc/rand.c
• src/wurstsrc/rand.h
• src/wurstsrc/read_ac.c
• src/wurstsrc/read_ac.h
• src/wurstsrc/read_ac_i.h
• src/wurstsrc/read_ac_strct.c
• src/wurstsrc/read_ac_strct.h
• src/wurstsrc/read_ac_strct_i.h
• src/wurstsrc/read_blst.c
• src/wurstsrc/read_blst.h
• src/wurstsrc/read_mat.c
• src/wurstsrc/read_mat.h
• src/wurstsrc/read_sec.c
• src/wurstsrc/read_sec_i.h
• src/wurstsrc/read_seq.c
• src/wurstsrc/read_seq_i.h
• src/wurstsrc/rescore.c
• src/wurstsrc/rescore.h
• src/wurstsrc/rmacros.h
• src/wurstsrc/scor_set.c
• src/wurstsrc/scor_set.h
• src/wurstsrc/scor_set_i.h
• src/wurstsrc/score_fx.c
• src/wurstsrc/score_fx_i.h
• src/wurstsrc/score_mat.c
• src/wurstsrc/score_mat.h
• src/wurstsrc/score_mat_i.h
• src/wurstsrc/score_probvec.c
• src/wurstsrc/score_probvec.h
• src/wurstsrc/score_rand.c
• src/wurstsrc/score_rand.h
• src/wurstsrc/score_sec.c
• src/wurstsrc/score_sec_i.h
• src/wurstsrc/score_smat.c
• src/wurstsrc/score_smat.h
• src/wurstsrc/scratch.c
• src/wurstsrc/scratch.h
• src/wurstsrc/sec_s.c
• src/wurstsrc/sec_s.h
• src/wurstsrc/sec_s_i.h
• src/wurstsrc/seq.h
• src/wurstsrc/seq_i.h
• src/wurstsrc/seqprof.h
• src/wurstsrc/silly.c
• src/wurstsrc/silly.h
• src/wurstsrc/solv_data.c
• src/wurstsrc/solv_data.h
• src/wurstsrc/str.c
• src/wurstsrc/str.h
• src/wurstsrc/sub_mat.h
• src/wurstsrc/vec.c
• src/wurstsrc/vec_i.h
• src/wurstsrc/yesno.h
• t/00basic.t
• t/01func_test.t